Die mittelalterlichen Handschriften der ULB Bonn entstammen zum großen Teil rheinischen bzw. westdeutschen Herren- und Klosterbibliotheken. Zum überwiegenden Teil besteht der Bestand aus theologischer Literatur.

174 mittelalterliche Handschriften wurden von 2007 - 2013 im Katalogisierungszentrum der Staatsbibliothek zu Berlin - Preußischer Kulturbesitz mit finanzieller Förderung der Deutschen Forschungsgemeinschaft erschlossen und sind im Handschriftenportal nachgewiesen.

Der gedruckte Katalog ist Ende 2015 erschienen. Er weist alle mittelalterlichen Handschriften der Bonner Universitäts- und Landesbibliothek nach, und zwar einschließlich der Stücke, die nach dem 2. Weltkrieg als fehlend festgestellt wurden anhand von Vorkriegsverzeichnissen und -literatur, und der mittelalterlichen Fragmente.

Im Jahr 2018 kehrten 11 mittelalterliche Handschriften, die nach dem Zweiten Weltkrieg als fehlend festgestellt werden mussten, nach Bonn zurück. Sie wurden - gefördert durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft - von 2020 bis 2021 in Manuscripta Mediaevalia tiefenerschlossen und sind nun ebenfalls im Handschriftenportal beschrieben.

Die mittelalterlichen Handschriften werden nach und nach in den in den Digitalen Sammlungen bereitgestellt.